W marcu 1919 nastąpiła reorganizacja centralnych władz wojskowych. W Ministerstwie Spraw Wojskowych utworzona została Sekcja Kolejowa, która wraz z Sekcją Automobilową utworzyły w kwietniu Departament Komunikacyjny, a w maju, po połączeniu z Departamentem Technicznym, utworzono Departament Techniczno-Komunikacyjny, kierowany przez płk. Jana Niesiołowskiego. W tym czasie Sekcją Kolejową z wydziałami transportu, kolei wojskowych i technicznym kierował ppłk Egon Busek. Początkowo w strukturze MSWojsk. znajdowało się także Dowództwo Wojsk Kolejowych, które na początku kwietnia przekształcone zostało w Inspektorat Wojsk Kolejowych, podległy II wiceministrowi spraw wojskowych, z szefem gen. Wiktorem Gawrońskim. Inspektorat odpowiadał za wyszkolenie oraz stan gotowości bojowej, a także za organizację oddziałów wojsk kolejowych. Przygotowywał też specjalistyczne podręczniki, regulaminy i instrukcje. Współpracował on z Departamentem Techniczno-Komunikacyjnym i Ministerstwem Kolei Żelaznych.