Po przybyciu do kraju Armii gen. Hallera, z jej składu sformowano dwie samodzielne kompanie kolejowe, które po pewnym czasie weszły w skład tworzącego się wówczas 5 batalionu kolejowego. Po scaleniu Wojsk Wielkopolskich z Wojskiem Polskim, 1 Wielkopolski batalion kolejowy został wcielony do wojsk kolejowych jako 6 batalion. Ponadto wystawiono jeszcze dwie samodzielne kompanie motorowe. Wszystkie kompanie kolejowe posiadały początkowo numerację arabską, ogólną dla wszystkich batalionów, następnie zaś wprowadzono osobną numerację dla każdego z nich.
W styczniu 1920 funkcjonowało sześć batalionów kolejowych, każdy w składzie 4 kompanii. Ponadto działały też dwie samodzielne kompanie kolejowo-motorowe. Łącznie w wojskach operacyjnych znajdowało się 125 oficerów i 6083 szeregowych wojsk kolejowych. 12 stycznia 1920 Naczelne Dowództwo nakazało sformowanie trzech kompanii parkowych, przeznaczonych do zaopatrywania w narzędzia i materiały batalionów wojsk kolejowych. 1 kompania, przeznaczona dla 1 i 2 batalionu, rozwinęła się we Lwowie, 2 kompania w Mołodecznie dla 3 i 4 batalionu, a dla 5 i 6 batalionu sformowana została w Łunińcu 3 kompania parkowa.