Cmentarz kolidował z planami budowy Portu lotniczego Lublin, gdyż leżał w miejscu, które miałoby przypadać dokładnie pomiędzy jego bazą cargo a terminalem. Dlatego też inwestor wystąpił do wojewódzkiego konserwatora zabytków o zgodę na przeniesienie nekropolii. Uzyskano zgody Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa oraz wojewody lubelskiego. Rozważano lokalizacje w Krzesimowie lub Lublinie, ostatecznie jednak wybrano cmentarz komunalny w Świdniku.
Port lotniczy Lublin S.A. jako zamawiający w rozumieniu prawa zamówień publicznych wyłonił wykonawców prac związanych z likwidacją cmentarza w trybie negocjacji z ogłoszeniem (ogłoszenie o zamówieniu nr 252937-2008). Rozbiórkę cmentarza i ekshumację mogił zlecono Zakładowi Usług Pogrzebowych Zygmunt Dziurka, nadzorem archeologicznym prac ekshumacyjnych zajęło się ówczesne Muzeum Lubelskie, a nową kwaterę zaprojektował Związek Polskich Artystów Plastyków Polska Sztuka Użytkowa.
Prace ekshumacyjne rozpoczęły się w grudniu 2008 i potrwały kilka miesięcy.