W listopadzie 1939 Stanisław Skowron wraz z ojcem złożyli przysięgę Służbie Zwycięstwu Polski (SZP) obierając pseudonimy „Janota” i „Brzoza”. Animatorem organizacji ruchu oporu był wówczas uciekinier z Poznania, prawnik Tadeusz Ereciński ps. „Obrońca” (aresztowany w 1943 został zamordowany w obozie koncentracyjnym w Mauthausen). Wkrótce SZP została przekształcona w Związek Walki Zbrojnej (ZWZ), a od 1942 w Armię Krajową (AK). Stanisław Skowron początkowo służył jako kolporter i łącznik, a później dowódca placówki we wsi Gieczno. Od 1943 został komendantem Rejonu „Zakręt” (gm. Rogóźno) oraz objął funkcję kwatermistrza Obwodu "Ogrody" AK. Do najważniejszych zadań stawianych kwatermistrzostwu należało prowadzenie wywiadu wojskowego i gospodarczego. Stanisław Skowron był zatrudniony najpierw w Urzędzie Gminnym w Wypychowie, a później w Urzędzie Gminnym w Piątku i prowadził tajną kartotekę, wyspecjalizowaną tematycznie, zbieraną z materiałów wywiadowczych. Obok tego Komenda Rejonu „Zakręt” przeprowadzała akcje przerzutowe ludzi zagrożonych aresztowaniem przez granicę z Generalnym Gubernatorstwem.