Wśród zanieczyszczeń badanych w ramach monitoringu jakości wód w 2019 stwierdzono obecność diklofenaku na poziomie 1,280 ng/dm³, co było najwyższą wartością wśród badanych stacji, ale mieszczącą się w normach oraz 17α-etynyloestradiolu na poziomie 0,711, co było wartością niemal dorównującą najwyższej stwierdzonej i przekraczającą normy.
Biocenozy Uważana jest za najbardziej różnorodny biologicznie akwen polskich obszarów morskich. Ze względu na warunki morfometryczne, woda w Zalewie Puckim stosunkowo łatwo nagrzewa się i wychładza w zależności od warunków pogodowych, więc zasiedlają ją organizmy eurytermiczne.
W związku ze zmianą warunków środowiskowych w XX w. i XXI w., głównie eutrofizacją, w ciągu kilkudziesięciu lat biocenozy znacząco się zmieniły. W pierwszej połowie XX w. w roślinności dominowały łąki ramienicowe z domieszką zostery (tzw. trawa morska) (miejscami z jej dominacją), nitkowatych sinic Rivularia atra i rdestnicy grzebieniastej. Zespoły z przewagą tego ostatniego gatunku (Potametum pectinati) wówczas były rzadkie, ograniczone głównie do Jamy Chałupskiej. W latach 50. znaczną część zatoki pokrywały łąki zostery, które uległy fragmentacji na przełomie lat 60. i 70. Pod koniec lat 70. pozostały już nieliczne i niewielkie płaty. Położenie łąk zostery od tego czasu zmienia się.