Podczas gry jednoosobowej gracz w dowolnej chwili ma możliwość przełączać się pomiędzy postaciami, a kontrolę nad pozostałymi przejmuje sztuczna inteligencja.
Fabuła Fabuła gry rozgrywa się w tym samym uniwersum, co wcześniejsze gry z serii Batman: Arkham, przenosząc akcję do Metropolis. Kiedy miasto zostaje zaatakowane przez Brainiaca, Amanda Waller wysyła na miejsce Legion Samobójców z misją wyeliminowania „celu alfa”. Okazuje się, że jest nim Superman, kontrolowany przez Brainiaca, którego ofiarami padli też pozostali członkowie Ligi Sprawiedliwości – w tym Flash (Scott Porter), Zielona Latarnia, Batman (Kevin Conroy) i Wonder Woman – a nowym celem Legionu staje się ich wyeliminowanie. Ponieważ gra stanowi kontynuację Batman: Arkham, zachowane zostaną w niej ustalone wcześniej wydarzenia, w tym m.in. śmierć Jokera w Arkham City i ujawnienie tożsamości Batmana jako Bruce’a Wayne’a w Arkham Knight.