Kolejni władcy Serbii opłacili powstanie klasztorów Simonopetra oraz Gregoriu, a także objęli stałą opieką już istniejący Chilandar; wszystkie te monastery były pierwotnie zdominowane przez mnichów serbskich.
W 1350 Athos ponownie znalazł się w granicach Bizancjum. Po 33 latach obszar góry został z kolei podbity przez Turków, mimo podjętych wcześniej starań o obronę klasztorów (wznoszenie murów obronnych). Na zakonników nałożono wysoki okup, jednak władze tureckie nie ingerowały w ich życie. Powrót do Bizancjum nastąpił w 1402. Cesarz Manuel II Paleolog podjął natychmiastowe starania na rzecz poprawy sytuacji wspólnoty. W czerwcu 1406 opublikował nową, po raz kolejny zmodyfikowaną wersję Typikonu. Był to ostatni dokument dotyczący Athos, wydany przez władcę bizantyjskiego. W 1430, po zdobyciu przez Turków Tesalonik, mnisi uznali władzę sułtana.
Panowanie tureckie XVI–XVIII wiek