Cały XII wiek był dla Athos okresem stabilnego rozwoju. Dokumenty z początku XIII wieku mówią o uformowaniu się na górze 300 niezależnych klasztorów, jednak zdaniem K. Kokkasa są to informacje przesadzone.
Upadek i odbudowa świetności Athos mały|Animacja trójwymiarowa szczytu Athos
Po zdobyciu Konstantynopola przez uczestników IV krucjaty Górę Athos uznano za część królestwa Tesaloniki i podporządkowano kontroli katolickiego biskupa Sebasty. Z jego polecenia w sąsiedztwie góry został wzniesiony zamek, którego załoga dokonała szeregu samowolnych napaści na ziemie zamieszkane przez mnichów. Biskup Sebasty nakłaniał ich również do zbiorowego przejścia na katolicyzm. Zakonnicy zwrócili się ze skargą do papieża Innocentego III, który w kwietniu 1210 wydał kolejno dwie bulle w tej sprawie. Potępił w nich działalność żołnierzy finansowanych przez biskupa Sebasty i odebrał mu nadzór nad Athos. W lutym 1214 papież potwierdził dawne przywileje mnichów i wyraził podziw dla prowadzonego przez nich życia.