Niepodległość i suwerenność Estonii jest nieprzemijająca i niezbywalna.” Oprócz tego podstawowymi zasadami ustroju są według ustawy zasadniczej: „podział władz (§ 4), legalizm (polegający na sprawowaniu władzy państwowej wyłącznie na podstawie Konstytucji i zgodnych z nią ustaw – § 3) oraz uznanie powszechnych norm i zasad prawa międzynarodowego za nierozłączną część systemu prawnego Estonii (§ 3).” Cechą charakterystyczną jest brak zasady państwa prawa.
Naród sprawuje swą suwerenność nie tylko poprzez wybory do parlamentu (Riigikogu), ale przy pomocy instytucji referendum (§ 56). Referendum ma zawsze moc wiążącą, lecz decyzją parlamentu pozostaje, czy zostanie ono przeprowadzone. Riigikogu może poddać pod referendum projekt ustawy lub inne zagadnienie państwowe (§ 105 ust. 1). Nawiązaniem do konstytucji z 1920 r. jest przepis mówiący, że jeżeli projekt ustawy nie zostanie zaakceptowany przez obywateli w referendum, wówczas prezydent ma obowiązek rozwiązać parlament i zarządzić przedterminowe wybory (§ 105 ust. 4).