Pod koniec czerwca 1940 roku zwrócił się do biskupa Jules-Gérauda Saliège z prośbą o pozwolenie na przyłączenie się do Wolnych Francuzów, spotkał się jednak z odmową. Pracował jako wykładowca teologii i filozofii w Katolickigo Uniwersytetu w Tuluzie. Od 1940 do 1942 roku był kapelanem kilku grup studenckich we Francji, zaangażował się także w działalność ruchu oporu. W 1941 za sprawą interwencji admirała François Darlana został wydalony z pracy w Ecole des cadres d'Uriage.

Od października 1941 był jedną z czołowych postaci ruchu oporu w Tuluzie, organizując pomoc dla ukrywających się Żydów. W 1942 roku zaangażował się w działalność organizacji Témoignage Chrétien. W 1942 zorganizował przerzut grupy francuskich Żydów do Szwajcarii. 6 listopada 1942 roku został na krótko aresztowany przez okupantów, a jego dom w 1942 był kilkukrotnie przeszukiwany przez policję.