W każdym oddziale IPN są powoływane komisje nominujące, którym przewodniczy dyrektor oddziału. Komisja nominująca weryfikuje zgłoszone wnioski oraz dokonuje oceny zgłoszeń oraz nominuje kandydatów do nagrody. O przyznaniu nagród decyduje kapituła nagrody, w skład której wchodzi Prezes IPN (przewodniczący), Przewodniczący Rady IPN (wiceprzewodniczący), sekretarz oraz członkowie: Dyrektor Biura Edukacji Narodowej, Dyrektor Archiwum IPN i rzecznik prasowy IPN. Kapituła zatwierdza protokoły komisji nominujących, dokonuje oceny kandydatur, podejmuje uchwałę w sprawie wyboru osób do nagrody oraz o dacie wręczenia laureatom: medali, legitymacji i dyplomów. Kapituła ma również możliwość odebrania wcześniej przyznanej nagrody, jeśli okaże się, że przyznanie nagrody nastąpiło wskutek wprowadzenia w błąd lub odznaczony dopuścił się czynu, wskutek którego stał się niegodny nagrody.
Pierwsze wręczenie nagród miało miejsce 18 czerwca 2009 roku w Oddziale IPN w Białymstoku, laureatami zostało sześć osób, w tym jedna pośmiertnie.
W latach 2015-2022 nadawano Nagrodę „Świadek Historii” dla osób i organizacji spoza Polski.