W 2015 roku rozpoczęto tworzenie ogólnopolskiej sieci „Przystanków Historia”. Celem tego działania było utworzenie miejsc, w których cyklicznie będą odbywać się przedsięwzięcia IPN oraz będzie możliwość zapoznania się odbiorców z ofertą wydawniczą IPN. Z tego powodu przyjęto jednolity schemat nazwy, który zawiera nazwę miasta: np. Centrum Edukacyjne IPN „Przystanek Historia” Koszalin. W 2015 roku powstało kilkadziesiąt „Przystanków Historia” w Polsce oraz jeden zagraniczny w Wilnie.
W 2016 roku, po wejściu w życie 16 czerwca 2016 r. nowej ustawy o Instytucie Pamięci Narodowej, reorganizacji uległa struktura Instytutu. Centrum Edukacyjne stało się częścią nowo utworzonego Biura Edukacji Narodowej. Biblioteka została podporządkowana Biuru Badań Historycznych, ale nadal korzysta z pomieszczeń Centrum. W 2016 roku do istniejących pozawarszawskich Centrów Edukacyjnych IPN dołączyły cztery kolejne (Włocławek, Kielce, Bielsk Podlaski oraz Elbląg). W 2017 roku działało 27 Przystanków Historia, uruchomiono również kolejne zagraniczne zlokalizowane w Grodnie, Łucku, Brukseli i w Nowym Jorku. W zagranicznych Przystankach rozpoczęto działania Programu Polonijnego BEN IPN.