João Fernandes prawdopodobnie handlował z Bristolem od 1486 roku i miał kontakty z angielskimi żeglarzami. Prawdopodobnie brał udział w wyprawie Cabota w 1498 roku jako nawigator. Podczas gdy Cabot zaginął na morzu wraz z czterema statkami, Fernandes miał wrócić na piątym statku, przywożąc mapy i wiedzę o Grenlandii i Nowej Fundlandii. W 1499 roku król Manuel I Szczęśliwy (1469–1521) nadał przywilej Fernandesowi, obiecujący mu stanowisko gubernatora wszelkich wysp, które miał odkryć.
W 1501 roku król Henryk VII Tudor (1457–1509) nadał przywilej odkrywców angielsko-portugalskiemu syndykatowi, w którym uczestniczyli João Fernandes, Francisco Fernandes i João Gonsales. Przywileje nadane syndykatowi w 1502 roku wykluczały jednak Fernandesa z podróży do ziem odkrytych przez Anglików. Uczyniono tak prawdopodobnie z uwagi na udział Fernandesa w konkurencyjnych wyprawach portugalskich – Fernandes być może brał udział w ekspedycjach braci Corte-Real. Inne źródła natomiast podają, że Fernandes zaginął podczas podróży do Ameryki w 1501 roku.