32 drużyny zostały przed losowaniem podzielone na koszyki zdefiniowane według kryteriów sportowych i geograficznych. Drużyny z tego samego koszyka zostały wylosowane przeciwko sobie, kolejność meczów została ustalona przez losowanie. W drugiej rundzie szesnastu zwycięzców pierwszej rundy, których tożsamość nie była znana w momencie losowania, podzielono na dwie grupy: Grupa A zawierająca zwycięzców z koszyków 1 i 2, grupa B zawierająca zwycięzców z koszyków 3 i 4. Drużyny z tej samej grupy zostały wylosowane przeciwko sobie, a kolejność meczów została ustalona przez losowanie. Grupa AKoszyk 1 Málaga AS Roma PAOK APOEL Čukarički Domžale FC Nitra Puskás Akadémia
Koszyk 2 Ajax Anderlecht Midtjylland AIK Rosenborg HJK Breiðablik Cork City
Grupa BKoszyk 3 FC Zürich Sparta Praga Viitorul Konstanca FC Salzburg Sheriff Tyraspol Zrinjski Mostar Wardar Skopje Mladost PodgoricaKoszyk 4 Dinamo Moskwa Altınordu Maccabi Hajfa Szachcior Soligorsk Lewski Sofia Qəbələ Kajrat Ałmaty Dinamo Tbilisi Legenda
Pierwsza runda
! colspan=5 style="background-color:cornsilk" | Pierwszy mecze 21, 27–29 września i 5 października, a rewanże 19 października 2016 roku.
Źródło: transfermarkt soccerway
Druga runda
!