Kościół jest oszalowany pionowymi deskami z listwowaniem na stykach. Elewacja frontowa jest jednoosiowa z naczółkowym dachem. W szczycie elewacji zamontowano ośmiokątne okno z witrażem. Elewacje boczne są czteroosiowe. Zamontowano tu prostokątne okna o ściętych od góry narożach. Podobne okna są umieszczone w skośnych ścianach prezbiterium. W zakrystiach okna są prostokątne.
Plan kościoła w Czarni jest podobny do innych świątyń na Kurpiach, ale wyróżnia się konstrukcją słupowo-ryglową. Poza tym na ścianie szczytowej są dwa daszki okapowe, czego nie spotyka się w innych kościołach w regionie.
Wewnętrzne ściany kościoła są oszalowane. Podłogi są drewniane. W nawach bocznych i zakrystiach strop jest drewniany z podsufitką. W nawie głównej widoczne pozorne sklepienie kolebkowe o drewnianej konstrukcji.
Powierzchnia kościoła to 364 m², długość 28 m, szerokość 13 m. Wysokość do sklepienia kolebkowego głównej nawy wynosi 8 m, a wysokość nawy bocznej to ok. 4 m.