32 drużyny zostały przed losowaniem podzielone na koszyki zdefiniowane według kryteriów sportowych i geograficznych. Drużyny z tego samego koszyka zostały wylosowane przeciwko sobie, kolejność meczów została ustalona przez losowanie. W drugiej rundzie szesnastu zwycięzców pierwszej rundy, których tożsamość nie była znana w momencie losowania, podzielono na dwie grupy: Grupa A zawierająca zwycięzców z koszyków 1 i 2, grupa B zawierająca zwycięzców z koszyków 3 i 4. Drużyny z tej samej grupy zostały wylosowane przeciwko sobie, a kolejność meczów została ustalona przez losowanie. Grupa AKoszyk 1 Montpellier Dynamo Kijów Altınordu FC Basel Hamilton Academical Septemwri Sofia MŠK Žilina HJK Koszyk 2 Chelsea Anderlecht Admira Wacker Midtjylland IF Elfsborg Molde KR Reykjavík Bohemians Grupa BKoszyk 3 Hertha BSC Sigma Ołomuniec PAOK Lech Poznań AEL Limassol Qəbələ Maribor Sheriff TyraspolKoszyk 4 Anży Machaczkała Dinamo Zagrzeb Viitorul Konstanca Mińsk Maccabi Tel Awiw Astana Illés Akadémia Vllaznia Legenda
Pierwsza runda
! colspan=5 style="background-color:cornsilk" | Pierwsze mecze 2–4 października, a rewanże 23, 24 października 2018 roku.
Źródło: transfermarkt soccerway
Druga runda
!