22 listopada 1937 roku jednostka ponownie trafiła do rezerwy.
15 grudnia 1938 roku okręt włączono w siły Sentai 9, gdzie operował w na wodach chińskich aż do 15 listopada 1939 roku, kiedy to okręt skierowano do rezerwy. W czasie jego postoju poddano go modyfikacji. W 1940 roku „Natori” mianowano jednostką flagową 5. Flotylli Niszczycieli (5. FN).
Lata 1941–1942 W styczniu oraz lutym 1941 roku okręt bazował w Sajgonie (obecnym Ho Chi Minh). W kwietniu tego samego roku okręt wraz z siłami 5. FN wszedł w skład Trzeciej Floty bazującej na Tajwanie. W lipcu i sierpniu 1941 roku okręt uczestniczył w zajęciu Indochin Francuskich. W grudniu 1941 roku okręt uczestniczył w eskorcie okrętów transportowych z piechotą, które 10 grudnia lądować miały w okolicach Aparri. W dniu planowanego desantu okręt został zaatakowany przez grupę trzech bombowców Boeing B-17 Flying Fortress. W wyniku ataku jednostka odniosła lekkie uszkodzenia. Pod koniec grudnia okręt wszedł w skład 2 Zespołu Eskortowego kadm. Chūichi Hara. 31 grudnia 1941 roku okręt opuścił Magong jako eskorta ponad 40 okrętów transportowych.