Zastosowany układ opancerzenia kadłuba obejmował pas pancerny o grubości 63,5 mm, łączący się z pokładem górnym, o długości 73,17 m oraz wysokości 4,87 m, z czego 0,84 m znajdowało się poniżej linii wodnej. Pas ten znajdował się na obu burtach i chronił pomieszczenia kotłowni oraz maszynowni przed pociskami dział kalibru do 102 mm. Wykonany był z dwóch warstw stali o wysokiej wytzrymałości na rozciąganie. Pokład główny jednostki pokryto płytami pancernymi o grubości 28,5 mm. Główne działa kal. 140 mm osłonięto maskami pancernymi o grubości 10 mm. Komory amunicyjne dział głównych zostały opancerzone płytami o grubości 32 mm, natomiast opancerzenie podajników amunicyjnych wynosiło 16 mm.
Uzbrojenie i wyposażenie Okręt miał dwa maszty: jeden za dziobówką, a drugi na śródokręciu od strony rufy. Na dziobowym maszcie znajdował się dalocelownik Typu 13 służący do kierowania ogniem artyleryjskim, stanowisko dowodzenia artylerią i dwa reflektory. „Natori” miał dalmierz o bazie 4 metry. W kwietniu 1944 roku na krążowniku zamontowano radar ostrzegania powietrznego Typu 21.