Agencje wywiadowcze w ramach operacji Rubikon zajmowały się wybieraniem korzystnych dla ich interesów projektów, zatrudnianiem personelu, opracowywaniem technologii oraz kierowaniem sprzedażą. W ramach operacji Rubikon pozyskiwały one dane przede wszystkim z krajów Ameryki Łacińskiej, czy szerzej globalnego Południa. Operacja Rubikon skupiała się na pozyskiwaniu informacji wywiadowczych z tradycyjnych źródeł, czyli takich jak komunikacji prowadzonej przez państwa i ich dyplomatów.
Głównymi celami operacji Rubikon było:
zwiększenie międzynarodowej sprzedaży maszyn szyfrujących określonego typu i osłabienie ich funkcjonalności w sposób umożliwiający przechwycenia przetwarzanych przez nie danych przez zaawansowane technologicznie państwa; wstrzymywanie produkcji i sprzedaży bezpiecznych maszyn szyfrujących; zapobieganie pozyskaniu bezpiecznych maszyn szyfrujących przez kraje, którymi zainteresowane były państwa współpracujące w ramach operacji Rubikon.