ramiona owocników w stanie wilgotnym są płasko rozpostarte na ziemi, u owocników w stanie suchym, lub starszych są silnie podwinięte w dół. Endoperydium pergaminowe, przeważnie kuliste, tylko czasami nieco spłaszczone, o barwie od brudnobiałej przez ochrową do ciemnobrązowej, bez szyjki i talerzyka, z główką o średnicy do 2 cm. Cechy mikroskopowe Zarodniki kuliste, wyraźnie brodawkowate, brązowe, o wymiarach 5,5-7,0 µm. Gatunki podobne Gwiazdosz kwiatuszkowaty jest jednym z najmniejszych polskich gwiazdoszy. Można go pomylić głównie z innymi małymi gwiazdoszami. Najbardziej podobny gwiazdosz brodawkowy Geastrum corollinum odróżnia się wyraźnie wyodrębnionym perystomem z jaśniejszym talerzykiem. Gwiazdosz węgierski (Geastrum hungaricum) również ma wyraźnie wyodrębniony perystom i jest jeszcze mniejszy od gwiazdosza kwiatuszkowatego. Obydwa gatunki odróżniają się także cechami mikroskopowymi