Zadaniem Komitetu było kontrolowanie regionalnych komisji antynarkotykowych i przygotowywanie dla prezydenta propozycji poprawy polityki antynarkotykowej.
W dniu 5 kwietnia 2016 r. prezydent Rosji podpisał dekret nr 156 o likwidacji Federalnej Służby Kontroli Obrotu Narkotykami i przekazaniu jej funkcji do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych Rosji. Od kwietnia 2016 r. funkcje FSKN pełni Główna Dyrekcja Kontroli Handlu Narkotykami Ministerstwa Spraw Wewnętrznych Federacji Rosyjskiej. 13 kwietnia 2016 r. na stanowisko szefa Głównej Dyrekcji został mianowany generał policji Andriej Iwanowicz Chrapow.
Struktura Struktura FSKN składała się z kierownictwa agencji, jej biura centralnego, a także biur terytorialnych w podmiotach Federacji Rosyjskiej. Maksymalna liczba pracowników FSKN i jego organów terytorialnych (nie licząc pracowników ochrony i utrzymania budynków) wynosiła 33 916 osób, w tym 26 10 pracowników, 2965 urzędników federalnych i 4941 robotników.
Na czele służby stał dyrektor mianowany i odwoływany przez Prezydenta Federacji Rosyjskiej. Od 15 maja 2008 r. stanowisko to piastował Wiktor Iwanow.