Podczas Niepodległego Państwa Chorwackiego ponownie organizowane są mistrzostwa ZNP z najlepszymi drużynami oraz mistrzostwa NDH (chorw. Nezavisna Država Hrvatska). W pierwszych mistrzostwach NDH 1941 roku klub był piątym, a w następnych 1942 roku zdobył wicemistrzostwo grupy B rundy ćwierćfinałowej. W sezonie 1942/43 startował w odrodzonych mistrzostwach ZNP, gdzie zajął trzecie miejsce I. razreda Zagreba, a potem zdobył wicemistrzostwo NDH. W sezonie 1943/44 znów był trzecim w rozgrywkach I. razreda Zagreba, a potem zwyciężył w grupie półfinałowym Zagrzeb. W finale miał zagrać z SAŠK Sarajevo, ale nie mecz nie odbył się z powodu powiększenia się obszaru opanowanego przez oddziały Narodowej Armii Wyzwolenia Jugosławii pod dowództwem Josipa Broza Tity, które w maju 1945 roku położyły kres istnieniu Niepodległego Państwa Chorwackiego. Ostatnie mistrzostwa ZNP rozpoczęły się 28 kwietnia 1945 roku, a przerwano 6 maja 1945 roku z powodu zmian politycznych w państwie. Mistrzostwa nigdy nie zostały wznowione, ponieważ wszystkie kluby zostały zlikwidowane 6 czerwca 1945 decyzją ministra zdrowia Federalnego Państwa Chorwacji.