W 2003 z okazji 100-lecia pierwotnego klubu nazwa klubu została skrócona do HAŠK Zagreb. Sezon 2004/05 ponownie spędził w 2. Zagrebačkiej lidze (D5).
Przez długi czas nie było wiadomo, jak będzie wyglądał skład 2. HNL w sezonie 2006/07. Powodem tego był klub NK Naftaš z Ivanić-Gradu. Co ciekawe, Naftaš połączył się już z klubem z innego powiatu, NK TŠK Topolovac, po tym, jak ten ostatni spadł z 1. HNL w 2002 roku. Po tym jak zapadła decyzja o połączeniu z HAŠK-iem klub przeniósł się do Zagrzebia i przyjął nazwę Naftaš HAŠK Zagrzeb. W sezonie 2006/07 połączony zespół chociaż zajął 10.miejsce w 2. HNL, jednak z przyczyn finansowych dobrowolnie spadł do 3. HNL – Zapad. W 2009 klub zmienił nazwę na HAŠK Zagreb i w 2010 ponownie awansował do drugiej ligi. Po zakończeniu sezonu 2012/13 spadł z powrotem do trzeciej ligi Chorwacji.
Barwy klubowe, strój, herb, hymn
Klub ma barwy czerwono-biało-żółte. Piłkarze domowe spotkania zazwyczaj grają w pasiastych poziomo czerwono-żółtych koszulkach, czerwonych spodenkach oraz czerwonych getrach.
Sukcesy Trofea międzynarodowe Do chwili obecnej klub jeszcze nigdy nie zakwalifikował się do rozgrywek europejskich.
Trofea krajowe Chorwacja
3.