W 1939 po utworzeniu autonomicznej Banowiny Chorwacji prowadzone osobno rozgrywki mistrzostw Banowiny Chorwacji w sezonach 1939/1940 i 1940/1941 oraz mistrzostw Serbii w sezonie 1940/1941.
W czasie II wojny światowej w roku 1941 faszystowskie ugrupowanie ustaszy na czele z Ante Paveliciem przejęło władzę, ogłosiło niepodległość i powstało Niepodległe Państwo Chorwackie (NDH). Terytorium Chorwacji sprzymierzonej wówczas z Niemcami obejmowało Chorwację właściwą (choć nie całą, część terytorium przyłączono do Włoch) oraz tereny dzisiejszej Bośni i Hercegowiny. W latach 1941–1944 prowadzone mistrzostwa NDH.
W 1945 po utworzeniu Socjalistycznej Federacyjnej Republiki Jugosławii Chorwacja została włączona do jej składu i kontynuowano rozgrywki o mistrzostwo Jugosławii w najwyższej lidze, zwanej Prva savezna liga. Od 12 do 19 sierpnia 1945 roku odbyło się pierwsze mistrzostwa Federalne države Hrvatske (następnie zwanej NR Hrvatske, a potem SR Hrvatske), w którym uczestniczyły reprezentacje miast i okręgów. W 1946 roku rozgrywano kwalifikacje w Chorwacji oraz innych republikach dla uczestnictwa w przyszłych mistrzostwach Jugosławii.