3 października 1929 zmieniono nazwę państwa na „Królestwo Jugosławii”, również Związek Piłkarski w maju 1930 został przeniesiony do Belgradu i przyjął serbską nazwę FSJ (Fudbalski savez Jugoslavije). W 1929 zostały organizowane pierwsze mistrzostwa pododdziału piłkarskiego w Skopju. Pododdział w mistrzostwach Jugosławii reprezentowały kluby: Pobeda Skopje (1929), Gragjanski Skopje (1935/36, 1938/39). W 1939 zmieniono system mistrzostw Jugosławii, tworząc oddzielne ligi serbską i słoweńsko-chorwacką, w których wyłaniano drużyny kwalifikujące do końcowej fazy mistrzostw Jugosławii. Kluby z Pododdziału Skopje zostały zakwalifikowane do Ligi Serbskiej, jednak tylko Gragjanski grał w lidze, zajmując 5 miejsce w sezonie 1939/40 i 8 miejsce w 1940/41. Podczas okupacji niemieckiej w latach 1941–1943 macedońskie kluby uczestniczyły w rozgrywkach mistrzostw Bułgarii. W 1942 Makedonija Skopje nawet zdobyła wicemistrzostwo Bułgarii.