W czasie prac od 12 do 21 maja 2008, archeolodzy odnaleźli jego ciało w zbiorowej mogile na Brusie wraz z ciałami 39 innych mężczyzn. Wilkońskiego rozpoznano po obrączce z napisem: „Kira 28/9 28 r.”, którą rozpoznała córka Jolanta Wilkońska. Wszystkie ofiary egzekucji miały związane z tyłu ręce, a strzały oddano z bliska w tym głowy z broni krótkiej. Pogrzeb wszystkich ofiar egzekucji odbył się 1 września 2009 na cmentarzu komunalnym na Dołach. Oprócz Wilkońskiego zidentyfikowano tylko kilka osób: Alfreda Bellera, Władysława Krzemińskiego, Henryka Szulca oraz Stanisława Sapocińskiego.
Życie prywatne Tomasz Wilkoński był synem Tomasza Wilkońskiego – powstańca styczniowego oraz Eleonory Wilkońskiej z Hirschbergów. Ponadto 4 przodków Wilkońskiego było uczestnikami Sejmu Czteroletniego.
Tomasz Wilkoński Był mężem księżniczki Kiry z domu Światopełk-Mirskiej h. Białynia (1896–1968), z którą miał córkę, fotograf Jolantę Karolinę Natalię Wilkońską.
Wilkońscy w Łodzi mieszkali przy ul. Tymienieckiego 10.
Ordery i odznaczenia Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (30 kwietnia 1925)M.P. z 1925 r. nr 102, poz. 434 „za zasługi na polu organizacji kółek rolniczych i hodowli wśród włościan”. Złoty Krzyż Zasługi Komandor Orderu Danebroga (Dania, 1925)Kongelig Dansk Hof- og Statskalender. Kopenhaga: 1929, s.