W obrębie rodziny Herpesviridae jest również spokrewniony z wirusami takimi jak wirusy opryszczki z podrodziny Alphaherpesvirinae, do której należą wirusy opryszczki pospolitej 1 i 2 oraz wirus ospy wietrznej i półpaśca, a także podrodziną Gammaherpesvirinae, która obejmuje wirus Epsteina-Barr i herpeswirusa towarzyszącemu mięsakowi Kaposiego.
Zidentyfikowano i sklasyfikowano także kilka gatunków cytomegalowirusów typowych dla różnych ssaków. Najczęściej badany jest ludzki cytomegalowirus (HCMV), znany również jako ludzki betaherpeswirus 5 (HHV-5). Inne gatunkiem CMV obejmującym naczelne jest szympansi cytomegalowirus (CCMV), który infekuje szympansy i orangutany, małpi cytomegalowirus (SCCMV) i cytomegalowirus rezusów (RhCMV), zakażający makaki; CCMV jest znany zarówno jako beta herpeswirus 2 (PaHV-2), jak i betaherpeswirus 4 (PoHV-4) (panine beta herpesvirus 2 and pongine betaherpesvirus 4). SCCMV nazywany jest cercopithecine betaherpeswirus 5 (CeHV-5), a RhCMV, Cercopithecine betaherpesvirus 8 (CeHV-8). Kolejne dwa wirusy znalezione u małp nocnych są wstępnie umieszczone w rodzaju Cytomegalowirus i nazywane herpesvirus aotus 1 i herpesvirus aotus 3.