Pierwszą żoną Wilhelma Wernera była zmarła przy porodzie trzeciego dziecka w 1825 Anna z d. Schroeder. Drugą zaś Matylda Ritzenstein z Łomży. Miał łącznie 12 dzieci: Karola Jan Wilhelma Wernera (1820–1873), Jan Fryderyka Wernera (1822–1892), Ferdynanda Jana Wernera (1825–1876), Józefa Wernera (1827–1881), Anielę Annę Mejsner (1827–1895), Matyldę Paulinę Schlösser (1829 –1904), Leopolda Wernera (1831–1858), Adolfa Wernera (1833–1868), Wilhelma Wernera (1835–1851), Annę Scheibler (1835–1921) fabrykantkę i filantropkę – żonę fabrykanta Karola Scheiblera, Helenę Scheibler – żonę Adolfa Scheiblera, brata Karola (1838–1907), Jadwigę Karolinę Saenger (1840–1912).
Bratem Wilhelma Wernera był Ferdynand Werner (1799–1870) – warszawski farmaceuta, siostra zaś – Henrietta Wilhelmina była żoną Friedricha Mathiasa Schlössera – ozorkowskiego fabrykanta.