Po wydaniu płyty zespół opuścił Black.
W 1997 roku zespół nagrał eksperymentalny album Remains. Waters podczas nagrań zastosował między innymi automat perkusyjny. W roku 1998 do Watersa dołączyli: Rampage, Davies, Hartman i basista Russell Bergquist. Wraz z tymi muzykami powstało kolejne wydawnictwo zatytułowane Criteria for a Black Widow. Podczas trasy promującej płytę doszło do konfliktu pomiędzy Rampagem a pozostałymi członkami zespołu. Wkrótce potem Rampage opuścił zespół. Waters od razu przyjął kolejnego wokalistę – Joe Comeau.
Zespół, już z Comeau nagrał kolejny album Carnival Diablos wydany w 2001 roku. Również i ten album odniósł sukces w Stanach Zjednoczonych, jak i w Europie. Jednak w składzie znów nastąpiły zmiany. Tym razem na posadzie perkusisty i gitarzysty – Hartman wymienił się z Blackiem, a Daviesa zastąpił Currana Murphy. W 2002 roku ukazał się kolejny album zatytułowany Waking the Fury. Po jego wydaniu zespół ruszył w trasę, gdzie zarejestrował materiał na płytę koncertową zatytułowaną: Double Live Annihilation. Była to ostatnia płyta z Joe Comeau, którego zastąpił go Dave Padden. Na początku 2004 roku z zespołu odszedł Russell „The Woodsman” Bergquist. Następnie do składu dołączyli basista Sandor de Bretan i perkusista Rob Falzano. Tego samego roku ukazał się kolejny album studyjny pt.