8 grudnia 1991 na stadionie w Tokio Crvena wywalczyła także Puchar Interkontynentalny.
Dekadę piłkarskich sukcesów zakończyła wojna na Bałkanach i rozpad Jugosławii, które doprowadziły do kryzysu bałkańskiego futbolu, a Zvezda nie powróciła do dawnego poziomu.
Trudne lata 90. Na początku roku 1992 klub z Belgradu był u szczytu swej sławy. Pomimo odejścia kilku gwiazd z poprzednich sezonów, Crvena nadal liczyła się w walce o obronę europejskiego trofeum. Na krajowym podwórku zabrakło dawnych rywali z Dinama Zagrzeb, podobnie jak kilku innych zespołów z późniejszej Chorwacji czy Słowenii. Piłkarzom Crvenej udało się obronić tytuł mistrza kraju, zdobywając go trzeci raz z rzędu.
Jak się później okazało, do roku 2000 zespół zdobył tylko jeden tytuł mistrza kraju, podobne wyniki osiągając w krajowym pucharze. Czołowymi postaciami w drużynie byli: Goran Đorović, Dejan Stefanović i najbardziej utytułowany Darko Kovačević. W drodze po tytuł w 1995 Zvezda zwyciężyła jubileuszowe, setne derby Belgradu (2:1), a szkoleniowcem drużyny był Ljupko Petrović.