22 czerwca 1934 na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Warszawskiego został doktorem habilitowanym na podstawie rozprawy Badania nad wydzielaniem żółci wątrobowej. 1 listopada 1944 przewodniczący Krajowej Rady Narodowej Bolesław Bierut mianował go profesorem nadzwyczajnym. 30 sierpnia 1947 otrzymał tytuł naukowy profesora zwyczajnego.
Od 1911 był mężem Stefanii Piwowarow (1891–1955), lekarki, okulistki. Ich syn Aleksander (ur. 1915) zginął w czasie II wojny światowej.
Jakub Węgierko zmarł w Warszawie na zawał mięśnia sercowego. Spoczął obok żony na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kw. A22-1-25).
Okres I wojny światowej W 1914 po wybuchu I wojny światowej został powołany jako lekarz do armii rosyjskiej. W 1917 wstąpił ochotniczo do Wojska Polskiego, był lekarzem Szpitala Polowego 3 Dywizji Legionów, następnie Szpitala Epidemicznego we Lwowie, a później komendantem Szpitala Zapasowego w Jaworowie pod Lwowem i Sanatorium Wojskowego w Szkle pod Lwowem. W 1921 odszedł z wojska w stopniu kapitana.