Okres II wojny światowej Po wybuchu II wojny światowej, w listopadzie 1939 opuścił Warszawę i wyjechał do Lwowa, gdzie został konsultantem szpitala przy ulicy Kurkowej. Od maja 1940 do czerwca 1941 pełnił funkcję konsultanta i kierownika Kliniki Instytutu Badawczego w Morszynie k. Lwowa. Następnie wyjechał do Ufy, stolicy Baszkirii, gdzie pracował jako kierownik oddziału chorób zakaźnych i wewnętrznych. Później podjął pracę w miasteczku Yangiyoʻl pod Taszkentem, w Uzbekistanie. W 1942 jako kapitan lekarz wstąpił do formującej się Armii Andersa. Wraz z nią przebywał m.in. w Iranie. W maju 1943, po zwolnieniu się z wojska, rozpoczął pracę w Teheranie jako konsultant oddziału chorób wewnętrznych w szpitalu Polskiej Delegatury Ministerstwa Pomocy i Opieki Społecznej rządu w Londynie. Po likwidacji szpitala w sierpniu 1944 wrócił do Polski.thumb|180px|Grób Jakuba i Stefanii Węgierko na cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie