Podczas działań wojennych został zniszczony. W roku 1952 zawiązuje się Komitet Odbudowy Zwierzyńca i doprowadza do ponownego otwarcia ogrodu zoologicznego w lipcu 1953 roku – obecnie drugiego pod względem wielkości na Górnym Śląsku (po chorzowskim zoo, otwartym w 1954). W roku 1980 do Zoo przyłączono nowe tereny, dzięki czemu miał on 19 ha powierzchniZoo Opole. Przewodnik. strona 3. Wydany po 2007 r.. Powódź tysiąclecia w 1997 zniszczyła ZOO w bardzo dużym stopniu. Od 1998 roku rozpoczęto powolną odbudowę, która trwa do dzisiaj. Większość budynków na terenie zoo została wybudowana w XXI w. (pawilon żyraf w 2002, basen uchatek w 2007), co czyni opolskie zoo jednym z najnowocześniejszych w Polsce.
W 2008 r. nagle padły dwie uchatki kalifornijskie z trzech wówczas posiadanych przez Zoo. Prawdopodobną przyczyną mogły być zjadane przedmioty rzucane na wybieg uchatek przez zwiedzającychwww.tvn24.pl – W opolskim zoo giną uchatki. Później zoo otrzymało trzy inne uchatki z zagranicznych ogrodów zoologicznych.. W grudniu 2012 roku wybuchł pożar w pawilonie z płazami – budynek w większości spłonął, uratowano jedynie niewielką część zwierząt, z których i tak część, po krótkim czasie, padłaTragiczny pożar w opolskim zoo. Nie było systemów przeciwpożarowych..