Po upadku monarchii austro-węgierskiej w 1918 roku, alianci uznali Masaryka za głowę rządu czeskiego, a w 1920 roku został wybrany pierwszym prezydentem Czechosłowacji. Stosunek Masaryka do Polaków i Polski z biegiem czasu zmieniał się. Twórca Czechosłowacji był przekonany, że II Rzeczpospolita w swoim kształcie jest anachroniczna, że będzie klasycznym państwem sezonowym, rozdzieranym przez konflikty narodowościowe i pozbawionym szansy na przetrwanie między Niemcami i Rosją. Obok premiera Kramárza był głównym odpowiedzialnym za decyzję o siłowym rozwiązaniem sporu o Śląsk Cieszyński. Czechosłowacka delegacja w Paryżu planowała wtedy wytyczenie granicy z Polską w Bielsku-Białej. To on nakazał armii czechosłowackiej zająć sporne terytorium nad Olzą. W 1920 nie zgodził się na przeprowadzenie tam plebiscytu, zabiegał o wytyczenie ostatecznej granicy przez arbitraż mocarstw, do czego doszło 28 lipca 1920 r., w najmniej korzystnym momencie dla Polski. Czesi sięgnęli po Zaolzie głównie z potrzeby korzystania z linii kolejowej, będącej wtedy ważnym połączeniem między Czechami i Słowacją.