Stanisław Józef Witkowski (ur. 2 marca 1866 w Andrychowie, zm. 2 października 1950 w Warszawie) – polski filolog klasyczny, papirolog, mediewista, profesor Uniwersytetu Lwowskiego, członek Polskiej Akademii Umiejętności.
Życiorys Był synem Karola (właściciela niewielkiego majątku ziemskiego) i Marii z domu Paszków. Uczęszczał do gimnazjum w Wadowicach, w latach 1887–1891 studiował filologię klasyczną i słowiańską na Uniwersytecie Jagiellońskim, m.in. u Kazimierza Morawskiego i Maksymiliana Iskrzyckiego. Studia kontynuował na uniwersytecie w Berlinie (1892–1893), a następnie w Getyndze (1893–1894), gdzie oprócz filologii klasycznej kształcił się w dziedzinie archeologii, gramatyki porównawczej i sanskrytu. W 1893 na podstawie rozprawy De vocibus Hybridis apud antiquos poetas Romanos obronił na Uniwersytecie Jagiellońskim doktorat. W latach 1895–1896 uczył języków starożytnych w Gimnazjum Św. Anny w Krakowie, a 1896–1898 w K. K. Gimnazjum im. Rudolfa w Brodach z językiem niemieckim wykładowym; jednocześnie w latach 1895–1900 pracował jako referent w Radzie Szkolnej Krajowej.