Niemniej w rezultacie wojny, która trwała aż do 241 p.n.e., Ptolemeusze uzyskali szereg terytoriów w Cylicji, Pamfili, Joni i Tracji, oraz utrzymali w swoim posiadaniu port Antiochii, Seleukeję Pierię.
Wyruszając do Syrii przeciwko Ptolemeuszowi Seleukos pozostawił w Azji Mniejszej swojego brata, Antiocha Hieraksa, który w roku 242/241 p.n.e. ogłosił się królem. Seleukos okazał się niezdolny do stłumienia rewolty Hieraksa i w roku 236 p.n.e. uznał jego władzę nad wszystkimi terytoriami na zachód od gór Taurus. Koncentracja Seleucydów na sprawach Zachodu sprawiła, że ich kontrola nad wschodem uległa rozluźnieniu. Około 245 p.n.e. bunt podniósł satrapa Partii i Hyrkanii Andragoras, by ok. 238 p.n.e. paść ofiarą najazdu koczowniczych Parnów. Około 230 p.n.e. Seleukos II wyprawił się przeciwko Parnom, których wyparł w stepy, musiał jednak zawrócić na zachód gdy jego brat Hieraks ponownie wystąpił przeciwko niemu. W rezultacie Parnowie pozostali władcami Partii i Hyrkanii, gdzie utworzyli Królestwo Partów, a poza zasięgiem Seleucydów pozostał także satrapa Baktrii Diodotos, uznawany za założyciela Królestwa Greko-Baktryjskiego.