Elementy dekoracyjne (godło na dziobie i ornamenty rufowe) pomalowane były w kolorze żółtozłotym.
Służba mały|lewo|alt=Pancernik Kaiser Wilhelm II w 1900 roku|„Kaiser Wilhelm II” w 1900 roku SMS „Kaiser Wilhelm II” został wcielony do służby w Kaiserliche Marine 13 lutego 1900 roku. Pancernik zastąpił we flocie fregatę pancerną . Pierwszym dowódcą jednostki został komandor (niem. Kapitän zur See) . Do czerwca 1900 roku trwały okrętu, a po ich zakończeniu pancernik został włączony do 2. Dywizjonu 1. Eskadry Heimatflotte. W lipcu okręty 1. Eskadry wzięły udział w manewrach na wodach zachodniej części Morza Bałtyckiego i Zatoki Niemieckiej. Od 15 sierpnia do 15 września „Kaiser Wilhelm II” i siostrzany „Kaiser Friedrich III” uczestniczyły w jesiennych manewrach floty, przeprowadzonych na wodach między Wilhelmshaven a Świnoujściem. We wrześniu dowództwo okrętu objął komandor . Od 21 września „Kaiser Wilhelm II” został okrętem flagowym dowódcy 1. Eskadry, wiceadmirała (niem. Konteradmiral) , jednak gdy 1 listopada dowództwo 1. Eskadry objął książę Henryk Pruski, przeniósł się na pokład SMS „Kaisera Friedricha III”. Między 4 a 15 grudnia okręty eskadry odbyły rejs szkoleniowy na wody Cieśnin Duńskich, kotwicząc od 10 do 12 grudnia na redzie Larvik.