Dorobek naukowy Beqira Mety obejmuje prace z zakresu stosunków grecko-albańskich, albańskiej emigracji do Stanów Zjednoczonych, a także polityki mniejszościowej Albanii w okresie międzywojennym. Był także autorem podręczników do historii dla gimnazjalistów.
Publikacje 1999: Politika tatimore e shtetit shqiptar, 1925-1939 (Polityka podatkowa państwa albańskiego, 1925-1939) 2001: Federata panshqiptare “Vatra”, 1912-1920 (Federacja panalbańska Vatra, 1912-1920) 2002: Tensioni greko-shqiptar 1939-1949 (Konflikty grecko-włoskie 1939-1949) 2004: Shqipëria dhe Greqia 1949-1990. Paqja e vështirë (Albania i Grecja 1949-1990. Trudny pokój) 2007: Tragjedia çame 2009: Historia botërore dhe e qytetërimit: klasa e 10: për gjimnazin 2012: Shqipëria në Dokumentet Austro-Hungareze, Vëll. III, (1912) (razem z Hamitem Kabą) 2013: Minoritetet dhe ndërtimi kombëtar në Shqipëri 1912-1924 2020: Syrja dhe Eqerem Bej Vlora: dokumente (wspólnie z Hasanem Bello) 2022: Vatra dhe shqiptarët në Amerikë: dokumente historike, 1912-1990 (wspólnie z