Głos Muchołówka ta wydaje ostry terkot np. „trrrrt” lub „triit”, przypominając skrzypiącą gałąź. Natomiast śpiew samca jest zupełnie inny, w ogóle nie przypomina głosu F. parva (piosenka F. albicilla bardziej przypomina śpiew ptaków z rodzajów Emberiza lub Anthus). Owa pieśń jest żwawa, pełna suchych treli i ostrych sylab o zmiennej wysokości tj. „zri-zri-da zri-zri-da tiu-tiu-tiu zrri-daa-zi”.
Ekologia Swym zachowaniem identyczna do muchołówki małej.
Lęgi Lęgi odbywają się w rosyjskiej tajdze, w środku czerwca. Samica buduje przez 3–5 dni gniazdko w kształcie małej miseczki, głównie z mchu oraz suchej trawy. Gniazdo jest szerokie na 50–52 mm i głębokie na 25–45 mm. Gniazda są zakładane na gałęzi lub także w budce lęgowej, 1–3 m nad ziemią. Samica znosi 4–7 jaj, rzadziej 5–6. Jaja wysiaduje wyłącznie samica (ok. 12–15 dni), natomiast pisklęta karmią oboje rodzice. Młode to typowe gniazdowniki.
Status zagrożenia Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje muchołówkę rdzawogardłą za gatunek najmniejszej troski (LC – Least Concern) od 2010 roku, kiedy to po raz pierwszy sklasyfikowała ją jako