W stepowych częściach rezerwatu żyją 52 gatunki ssaków. Są to m.in.: lis, łasica syberyjska, borsuk azjatycki, sarna syberyjska, wilk szary. Naliczniejsze są gryzonie takie m.in. jak: nornik zwyczajny, mysz polna, nornik bury, smużka stepowa.
Zbocza Sajanu Zachodniego W rezerwacie występuje 11 gatunków ryb. Najczęstsze są lipień bajkalski, lenok, rzadziej tajmień. Są tu 3 gatunki płazów: Rana amurensis, ropucha szara i kątoząb syberyjski. Spośród gadów występują jaszczurka żyworodna, jaszczurka zwinka, a także żmija zygzakowata.
Na obszarze górskim występuje 139 gatunków ptaków. Liczne są takie ptaki jak np.: sosnówka, orzechówka zwyczajna, krzyżodziób świerkowy, kowalik zwyczajny, świstunka żółtawa, jarząbek zwyczajny, głuszec zwyczajny, rybołów i bocian czarny.
Żyje tu 50 gatunków ssaków, m.in.: owca ałtajska, koziorożec syberyjski, niedźwiedź brunatny, rosomak tundrowy, jeleń szlachetny, soból tajgowy, ryś euroazjatycki, piżmowiec syberyjski, łoś euroazjatycki.