Występowanie i siedlisko Opisano występowanie trufli wgłębionej w Ameryce Północnej, Europie, Azji, Australii i na Nowej Zelandii. W piśmiennictwie naukowym na terenie Polski do 2021 roku podano jedno stanowisko historyczne i 6 współczesnych. Bardziej aktualne stanowiska podaje internetowy atlas grzybów. Znajduje się na Czerwonej liście roślin i grzybów Polski. Ma status E – gatunek wymierający, którego przeżycie jest mało prawdopodobne, jeśli nadal będą działać czynniki zagrożenia. W latach 1995–2004 gatunek ten objęty był ochroną częściową, od roku 2004 – ochroną ścisłą.
Grzyb podziemny, ektomykoryzowy, żyjący w symbiozie z dębami, grabami i leszczyną. Występuje w lasach, w glebie na podłożu wapiennym.
Zastosowanie Truflę wgłębioną zalicza się do trufli o najintensywniejszym aromacie. Ma silny zapach fenolu, bardzo przenikliwy, który upiększa potrawy, zwłaszcza dania z makaronu. Ze względu na tę właściwość jest bardzo poszukiwana przez przemysł przetwórczy. Należy do nielicznych trufli, które zachowują swój aromat nawet po ugotowaniu i dlatego można ją stosować również w potrawach wymagających szczególnie długiego przygotowania i gotowania. Na aukcji internetowej w 2021 r. sprzedawano ją w cenie 42 euro za 100 gramów.