W 1930 roku został niespodziewanie mianowany profesorem filozofii na Westfalskim Uniwersytecie Wilhelma w Münster, nie posiadając habilitacji ani doświadczenia w nauczaniu. Niemal równocześnie z Heideggerem tworzył filozofię egzystencji, mającą jednak katolicki wydźwięk. Po dojściu Hitlera do władzy działał w kościelnym ruchu oporu, planując ofensywę kulturalną dla niemieckiego katolicyzmu. W swojej filozofii akcentował kulturową jedność Europy, której gwarantem jest jedynie wiara katolicka. Europa jawiła mu się jako osłabiona przez reformację i oświecenie. Występował ostro przeciwko bolszewizmowi, a wielki kryzys interpretował jako wynik zdrady kultury chrześcijańskiej.
Zdaniem Wusta decydujące dla kondycji człowieka pozostają sytuacje fundamentalnej niepewności, które określał mianem insecuritas. To niepewność, która przejawia się w różnych sferach ludzkiej działalności, takich jak nauka, filozofia i religia. Dopiero za jej sprawą człowiek może prawdziwie się realizować, co jednak uwidacznia ryzykowny charakter ludzkiej egzystencji.
Od 1938 Peter Wust chorował na raka szczęki, zmarł w 1940 roku w wieku 55 lat.