Następnie został kierownikiem Katedry i Kliniki Chirurgii Szczękowo-Twarzowej i Stomatologicznej AM do 1996 roku, kiedy nastąpił administracyjny podział na uczelni, w wyniku którego wyodrębniono Zakład Chirurgii Stomatologicznej Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz Katedrę i Klinikę Chirurgii Szczękowo-Twarzowej Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego, w której profesor Bartkowski dalej pełnił funkcję kierownika. Jednocześnie został ordynatorem Oddziału Chirurgii Szczękowo-Twarzowej w Wojewódzkim Specjalistycznym Szpitalu im. L. Rydygiera w Krakowie. Został pochowany na cmentarzu Salwatorskim w Krakowie.
Stopnie i tytuły naukowe 1965 – doktor nauk medycznych 1976 – doktor habilitowany 1977 – docent 1989 – profesor nadzwyczajny 2001 – profesor zwyczajny
Specjalizacje 1962 – I stopnia za stomatologii ogólnej 1969 – I stopnia z chirurgii ogólnej 1971 – II stopnia z chirurgii szczękowej 1973 – II stopnia z chirurgii plastycznej