Zasługi profesora w chirurgii szczękowo-twarzowej Profesor Bartkowski współpracował z Katedrą Onkologii AM i Instytutem Onkologii, z Katedrą Okulistyki AM, z Kliniką Neurotraumatologii AM. Dzięki tej współpracy i zainteresowaniom chirurgią plastyczną i rekonstrukcyjną wprowadził do krakowskiej kliniki zasady i techniki chirurgicznej rekonstrukcji ubytków tkanek i narządów w obrębie twarzoczaszki po operacjach onkologicznych, pourazowych i przy leczeniu wad rozwojowych wraz z rehabilitacją protetyczną po tych zabiegach. Pod kierownictwem profesora opracowano w klinice metody diagnostyki i leczenia złamań górnego piętra twarzy w połączeniu ze złamaniem podstawy czaszki i obrażeniami nerwu wzrokowego, leczenia złamań dna oczodołu (głównie blow out), leczenia operacyjnego wad rozwojowych kości szczękowych jak progenia, prognacja, zniekształcenia porozszczepowe, leczenie torbieli, naczyniaków tkanek miękkich i kości twarzy. Profesor opracował też metodę leczenia skojarzonego (fibrynolitycznego, przeciwzakrzepowego i przeciwbakteryjnego) przewlekłych zapaleń kości. Dbał o wysoki poziom kwalifikacji całego zespołu.