Reprezentował rząd protektoratu w negocjacjach z Karlem Hermannem Frankiem, w których dzięki swojemu wykształceniu prawniczemu zapobiegł wydaniu wielu antyczeskich i antyżydowskich ustaw. Rzekomo proponowano mu objęcie stanowiska premiera, na co miał się nie zgodzić.
Od jesieni 1939 roku, za pośrednictwem utrzymywał bliskie kontakty z czechosłowackim ruchem oporu i rządem na emigracji. Używał pseudonimów „Herrenreiter” i „Lezec”. W styczniu 1940 roku wraz z Aloisem Eliášem spotkał się z Ladislavem Feierabendem i ostrzegł go przed aresztowaniem. Po jego ucieczce objął na krótko urząd ministra rolnictwa.
Był jednym z najbliższych współpracowników prezydenta Emila Háchy i w rzeczywistości miał sterować jego działaniami. W kwietniu 1941 roku protektor Konstantin von Neurath zażądał jego dymisji, a gdy Havelka odmówił, 24 kwietnia 1941 roku wycofał mu formalnie swoje uznanie, nakazał opuścić Pragę i zakazał mu kontaktów z prezydentem i rządem. Na początku września 1941 roku powrócił do pracy w Najwyższym Sądzie Administracyjnym.