3 lutego 1916 roku został proboszczem parafii św. Mikołaja w Brzezinach. Od 11 marca 1916 roku pełnił funkcję kapelana wojskowego w Landsturm Etappen Baonie nr 501 w Bozen w Tyrolu. Do parafii w Brzezinach powrócił po zakończeniu I wojny światowej. 4 grudnia 1924 roku został odznaczony tytułem Expositorium Canonicale. Podczas sprawowania funkcji proboszcza w Brzezinach przez Dunajeckiego dwukrotnie (1917 i 1927 rok) remontowana była dzwonnica. Z jego inicjatywy powstało gospodarstwo rybne składające się z kilku stawów. W skład majątku parafii weszła wikarówka, którą w testamencie zapisał mu poprzedni proboszcz ks. Jan Golonka. Pojawiły się również plany budowy nowego kościoła.
20 marca 1928 roku wystosował podanie o objęcie urzędu proboszcza w parafii św. Jakuba Starszego Apostoła w Podegrodziu, a pod koniec sierpnia w parafii Matki Bożej Różańcowej w Lisiej Górze. Nie zostały one jednak zaakceptowane. 11 grudnia 1928 roku złożył podanie o objęcie probostwa w parafii Wszystkich Świętych w Kolbuszowej. Na początku 1929 roku został dziekanem wielopolskim. 15 kwietnia 1929 roku został proboszczem parafii Wszystkich Świętych w Kolbuszowej oraz dziekanem kolbuszowskim. W 1934 roku otrzymał przywilej noszenia rokiety i mantoletu. Staraniem Dunajeckiego w latach 1929-1935 przebudowano i powiększono miejscową świątynię.