W kwietniu 1997 wystąpiła na konferencji zorganizowanej przez University of California w Berkeley, przedstawiając rolę, jaką odegrały serbskie media w przygotowaniach do wojny i ludobójstwa w byłej Jugosławii. W czasie debaty w Parlamencie Europejskim dotyczącej współpracy i dialogu na Bałkanach, przekonywała zebranych, że serbska elita polityczna pozostawała zakładnikiem mitu Wielkiej Serbii i teorii głoszącej, że Serbia jest ofiarą międzynarodowego spisku. Byłą zwolenniczką ścisłej współpracy władz Serbii z Międzynarodowym Trybunałem Karnym dla byłej Jugosławii, uznając to za obowiązek moralny.
Działalność Sonji Biserko została uznana przez ugrupowania nacjonalistyczne za zdradę Serbii. W roku 2008 działacze organizacji Pokret 1989 (Ruch 1989) zorganizowali protest przed siedzibą Komitetu Praw Człowieka w Serbii, wykrzykując obraźliwe hasła przeciwko działaczom Komitetu i pozostawiając tablice z namalowanymi swastykami w pobliżu budynku. Komitet otrzymywał także listy z pogróżkami, samej Soni Biserko grożono w nich śmiercią.