Od października 1944 na terenie okręgu lubelskiego, NKWD i sowiecki kontrwywiad wojskowy „Smiersz” nasila działania operacyjne przeciwko Armii Krajowej. Franciszek Żak wyjeżdża z Lublina do Warszawy, gdzie ukrywa się pod przybranym nazwiskiem, nadal utrzymuje kontakt z Okręgiem Lublin. Wydaje rozkaz przeprowadzenia rozpoznania i zaplanowania zamachu na prezydenta Bolesława Bieruta i przewodniczącego PKWN Edwarda Osóbkę-Morawskiego, zamach nie został zrealizowany.
W styczniu 1945 Franciszek Żak nadal dowodzi okręgiem do czasu jego rozwiązania 19 stycznia 1945. Kilka dni później otrzymuje awans na pułkownika i dowodzi okręgiem, który podlegał pod organizację konspiracyjną Ruch Oporu Armii Krajowej. 21 marca 1945 podczas odprawy sztabu okręgu w lokalu konspiracyjnym w Warszawie nastąpiło aresztowanie uczestników odprawy przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego wskutek donosu tajnych agentów będących w strukturach Armii Krajowej. Żak został przewieziony do Lublina, gdzie w więzieniu na Zamku Lubelskim był torturowany podczas przesłuchań.