Chociaż zespół pozostał razem jeszcze przez długie lata, kontakt pomiędzy nimi prawie zupełnie zanikł.
W 1994 w barwach Alternative Tentacles ukazała się EPka In a Family Way, którą Joey nagrał z bratem Mickeyem Leighem (jako Sibling Rivalry).
W 1999 został producentem albumu She Talks to Rainbows Ronnie Spector (ex–wokalistki The Ronetts). Tytułowy utwór z tej płyty trafił wcześniej na ostatni album Ramones ¡Adios Amigos!.
Na krótko przed śmiercią został menedżerem i producentem punkrockowej grupy The Independents. Ostatnie piosenki, które zaśpiewał, to „What Do You See” i „Lying to Myself”, nagrane z zespołem Blackfire na ich płytę One Nation Under (album roku 2002 w kategorii pop/rock na Native American Music Awards).
Śmierć Joey Ramone miał 198 cm wzrostu. Zmarł 15 kwietnia 2001 w nowojorskim Presbyterian Hospital, po 7-letnich zmaganiach z nowotworem układu limfatycznego. Został pochowany na cmentarzu Hillside w Lyndhurst, New JerseySometimes the Grave Is a Fine and Public Place. The New York Times (28.03.2004)..
Jego solowy album Don't Worry About Me (nagrany w latach 2000/2001) został wydany pośmiertnie w 2002 – promował go cover piosenki Louisa Armstronga „What a Wonderful World”.