W partyzantce starał się ukrywać przed przełożonymi to, że jest Żydem. Gdy odkryto jego pochodzenie (wspólne kąpiele w jeziorze), nie spotkały go żadne przykrości, a partyzanci wciąż byli doń przyjaźnie nastawieni. Halperin służył w Armii Krajowej do stycznia 1945.
W 1945, Halperin zorganizował w Kielcach grupę żydowskich sierot w celu odbycia aliji. Grupa przedostała się do Włoch na statku „”, a następnie w 1946 dotarła do Izraela. Halperin wydarzenia te opisał w książce „Ha-derekh le-herut 1945-1946” („Droga do wolności 1945-1946”). Po dotarciu do Palestyny Halperin zamieszkał w kibucu Geszer. Po kilku miesiącach przeprowadził się do Jerozolimy, gdzie uczęszczał do szkoły w i w 1947 dołączył batalionu „Moria” w brygadzie Ecjoni. W trakcie operacji Kilshon w 1948 został poważnie ranny w nogę.